2000 年，在河南高校中它率先获得了一级学科博士学位授予权。1978 年恢复研究生教育后，河南农业大学的学位与研究生教育在规模、质量、效益等诸多方面实现了快速发展。目前，它已成为一个集全日制博士、学术学位硕士以及专业学位硕士等多种层次于一体的高层次人才培养基地。建校已经百年，河南农业大学为国家培养了将近万名博士和硕士研究生，在经济和社会发展方面作出了重要的贡献。

学校有 1 个一级学科属于国家重点学科，还有 19 个是省部级重点学科；拥有 9 个博士后科研流动站；具备 10 个博士学位授权的一级学科，以及 2 个博士专业学位类别；有 19 个硕士学位授权的一级学科，以及 20 个硕士专业学位类别。建有神农种业实验室和龙湖现代免疫实验室这 2 个河南省实验室，有 8 个国家、国际科研平台，还有 103 个省部级以上科研平台。有 337 位博士生导师，他们拥有丰富的办学经验和雄厚的师资力量；还有 1726 位硕士生导师，同样具备丰富的办学经验和雄厚的师资力量。当下，在籍的博士生有 688 人，在籍的硕士生有 5333 人。