一般认为日本的修学旅行起始于 1886 年 2 月。当时东京师范学校（现为筑波大学的前身）率先进行了一次活动。这次活动是前往千叶县铫子地区的长途郊游，时长为 12 天。“修学旅行”一词首次出现于 1886 年 12 月的高等师范学校同学会机关杂志《东京茗溪会杂志》。当年 8 月实施了一次下野地区旅行，其游记被记载其中，还使用了“修学旅行记绪言”这一表述。

文部省（现文部科学省）1887 年的年报有记载，师范学校规定要实施修学旅行，其主要内容是以研究当地地理、采集相关植物、拍照以及进行防灾训练为主。1892 年的文部省令第 8 号关于学科等的改正说明中也记载，要在适当的时候进行修学旅行，通过在野外郊游来锻炼身体和精神，并且要扩大学生们的知识面。

早期的修学旅行主要以徒步的方式进行。然而在 1889 年，出现了乘坐火车进行修学旅行的相关记载。随着越来越多的学校选择乘坐公共交通去旅行，逐渐就形成了如今这种修学旅行的形式。

之后，修学旅行曾一度中断。1946 年，山口县的一所女子学校开展了 4 天 3 晚的修学旅行。以此为开端，日本的修学旅行开始逐步恢复。然而，当时的条件较为艰苦。因为修学旅行大多集中在春秋两季，所以乘坐的公共交通工具较为拥挤。据说若乘坐晚上的车，学生们就得在火车的地板上睡觉。一些旅馆在目的地处，入住时必须携带大米。当时很多人认为，修学旅行的费用对于一般家庭而言会带来一些负担。

在旅途中，时常会出现食物中毒、患病以及学生们有不良行为等情况。为应对这些，日本学校开始实施多所学校联合的修学旅行。在交通工具方面，有了专门用于修学旅行的车厢，这对解决拥挤问题和防止交通事故有很大帮助。

日本的公共交通网日益发达，从 1971 年起，这些专用的修学旅行车辆逐渐减少。同时，飞机越来越普及，日本学校修学旅行的目的地有了很大变化，不仅限于日本国内，还出现了海外修学旅行。